"Pilot" - pilotażowy odcinek serialu "Prison Break" rozpoczyna się od wizyty głównego bohatera w salonie tatuażu. Widzimy kobietę, która wykańcza właśnie rysunek na ramieniu pewnego mężczyzny (Michael Scofield), po czym ów ubiera się i wychodzi. Kolejna scena to niszczenie wszelakich dowodów. W koszu lądują po kolei, wiszące na ścianach wycinki prasowe i fragmenty planów. Następnie bohater odłącza i wyrzuca przez balkon, wprost do rzeki, twardy dysk swojego komputera.

Mija trzeci dzień odsiadki Michaela. Spędza go na grze w warcaby z Charlesem, który poznaje się na jego talencie stratega, gdyż przeciwnik nie daje mu szans, ogrywając go. Prowadzą luźną dyskusję, „Świeżak” podchwyca temat ucieczki. Westmoreland wskazuje mu, że są ważniejsze rzeczy, o które trzeba się martwić – zbliżająca się wojna ras.

Odcinek otwiera scena, w której Michael traci jeden z placów u nogi. Cała akcja odbywa się w pomieszczeniu gospodarczym. Wbiega tam kilku strażników i zabiera go niezwłocznie do Izby Chorych. Dr Tancredi przekonuje go, by wydał swoich oprawców, lecz nie robi tego, ponieważ John Abruzzi jest kluczową postacią dla jego planu.

Lincolna dręczy sen, w którym następuje egzekucja kary, a sam bohater przedwcześnie trafia na krzesło elektryczne. Pod chwilową nieobecność swojego współlokatora, Michael postanawia rozpocząć prace związane z wydostaniem się z celi. W tym celu odkręca od murów umywalkę połączoną z toaletą i kruszy cement, który trzyma cegły w murze.

Agenci Secret Service składają Pope‘owi wizytę w sprawie transferu Scofielda do innego zakładu karnego. Początkowo naczelnik jest temu przeciwny. Jednak Paul grozi, iż wyjawi niewygodne dla Henry ‘ego fakty, pochodzące z przeszłości zarządzającego więzieniem, a związane ze śmiercią jego syna.

Paul Kellerman podejmuje działania w sprawie szybszej śmierci Burrowsa. W tym celu jego znajomy najmuje w Fox River jednego z więźniów, który ma pozbyć się Lincolna.

Poprzez szyby wentylacyjne, Michael spieszy na ratunek Sarze. Dociera do niej w porę i zabiera ją tą samą drogą do wyjścia z więzienia. Dr Tancredi jest pod wrażeniem znajomości topografii szybów wentylacyjnych przez więźnia. Scofield opowiada jej, że kiedyś pracował przy ich oczyszczaniu z więzienną Brygadą Pracy.

Michael jest już w Fox River przeszło trzy tygodnie. Pozostało siedemnaście dni do egzekucji jego brata. Bohater przedstawia swoim kompanom kolejny element swojego planu, którym jest stary magazyn. Niestety okazuje się, że nie tak łatwo się do niego dostać. To wydzielony obszar, po którym mogą poruszać się tylko klawisze i osoby zaufane, więc nie tak łatwo będzie tam zorganizować jakieś roboty dla Brygady Pracy. John wpada na pomysł, że winno się podpalić tamto pomieszczenie, gdyż kiedyś więźniowie także pracowali przy jego odnawianiu po pożarze. Przy próbie wejścia okazuje się, że mieści się tam kanciapa strażników.

Seth zwraca się do Michaela o pomoc. Chłopak nie wytrzymuje presji, jaką wywiera na nim „T-Bag”. Scofield postanawia nie ingerować w to, co jest pomiędzy nimi.

Osamotniony na spacerniaku John rozpoczyna rozmowę z Bellickiem. Usiłuje go przekonać, aby przywrócił jego przywileje i dał mu czas na zebranie gotówki. ”Boss” Jednak odmawia i daje do zrozumienia osadzonemu, że wypadł z biznesu. Abruzzi rozmawia z Michaelem. Przekonuje go, aby wydał Fibonacciego, gdyż John ma w Fox River wielu wrogów oraz, że ucieczka jest rzeczą łączącą ich oraz Abruzzi musi udowodnić Falzone ’owi, że nadal jest coś wart.

W tym odcinku poznajemy kolejny element układanki Michaela. Tym razem nie jest nim tatuaż na jego ciele, istotne są zegarek i dyktafon…

Odcinek przedstawia nam kolejny element planu Michaela. Tym razem jest nim lina, którą wszył pod podszewkę garnituru. Posłuży mu zamiast drabiny, gdyż będzie musiał się po niej wspinać 20 stóp do góry.

Po rannego Abruzziego przylatuje helikopter. Sara przekazuje lekarzom, że pacjent ma krwotok. Ratownicy zabierają go do szpitala w Chicago. Michael prosi naczelnika, aby pozwolił mu porozmawiać z bratem. Henry jest temu przeciwny. Scofield musi poczekać do dnia egzekucji, wtedy dopiero będzie mógł zobaczyć się z Lincolnem.

Do egzekucji Burrowsa pozostała tylko doba. „T-Bag” odgraża się Michaelowi, że jeśli nie uciekną, to go zabije. Sucre interweniuje i każe mu odłożyć ostrze.

Strażnicy przypinają Lincolna do krzesła elektrycznego. Zwilżają mu głowę. Zostaje odsłonięta zasłona w pokoju dla obserwatorów, w którym znajdują się Veronica, Michael oraz trzej dziennikarze (dwie kobiety i jeden mężczyzna). Naczelnik zezwala dr Tancredi na wyjście z sali egzekucyjnej.

Odcinek stanowi retrospekcję i przedstawia nam losy bohaterów serialu trzy lata wcześniej zanim zawiązały się w Fox River.

Michael pracuje u Pope’a nad miniaturą Tadź Mahal. Ten opowiada mu historię budowli. Do naczelnika przychodzi dr Tancredi, aby poinformować o tym, co znalazła w ciele więźnia podczas zabiegu (kawałek materiału z munduru strażnika więziennego).

Michael usiłuje przypomnieć się Patoshikowi i prosi go, aby narysował jego tatuaż ponownie. Na początek Scofield zaczyna od tabletek, które stanowią „niewidzialne kajdanki dla umysłu” pacjenta, doprowadza „Haywire’a” do odruchów wymiotnych. Ten zaczyna kojarzyć, że chodzi o ścieżkę. „Fish” postanawia pokazać mu miejsce, w którym się przerywa, by ten rozrysował braki. Charles bierze się do pracy. Michael zauważa kuzyna Sucre, który zbiera rzeczy do prania. Prosi, aby przekazał Fernando wiadomość: „czuje się dobrze, pracuje nad uzupełnieniem braków”. Manche zauważa ranę na plecach „Świeżaka”. Kojarzy, że znajduje się w tym samym miejscu, co wypalona dziura w mundurze strażnika.

Lincoln przeżył wypadek, lecz jest w ciężkim stanie. Więzień leży nieopodal samochodu. Na miejsce przyjeżdża Kellerman, który próbuje go udusić. Jednak chwilę później zjawia się tam tajemniczy mężczyzna, który uderza gaśnicą, sięgającego po broń, Paula w głowę i wciąga Burrowsa do swojego samochodu – czarnego Mustanga. Mężczyzna zabiera Lincolna na złomowisko samochodowe i wjeżdża autem do prowizorycznego garażu. Tajemniczy jegomość okazuje się być ojcem Linca – Aldo Burrows. Przed wielu laty opuścił swoją rodzinę, aby pracować dla „Firmy”, gdyż takie wymagania owa organizacja stawia przed zatrudnionymi. W zamian otrzymują oni dostęp do poufnych informacji i decyzji, jakie wojny ma podejmować kraj, kto ma zostać wybrany w wyborach, bądź jaka ustawa powinna zostać podpisana. Odchodząc, Aldo zabrał ze sobą informacje o EcoField – organizacji Steadmana. „Firma” postanowiła o zemście i uderzyła w jego rodzinę.

W pokoju strażników dochodzi do walki pomiędzy Bellickiem i Westmorelandem. W jej wyniku ranny zostaje starszy więzień, który wrzuca związanego i ogłuszonego „Bossa” do dziury, przez którą ma uciekać Brygada Pracy.

Michael przedstawia naczelnikowi swoją listę żądań. Na początek karze mu poinformować strażników, że Bellick załatwia swoje prywatne sprawy na mieście. Następnie nakazuje przeprowadzić swojego brata do Izby Chorych. Scofield informuje Pope’a, gdzie odnajdzie Bellicka, związuje i knebluje Henry’ego. Przeprasza go za zaistniałą sytuację. Po chwili przy użyciu radia pozbawia naczelnika przytomności, uderzając go nim w głowę. Przed wyjściem więzień wybiera z telefonu w gabinecie numer, aby upozorować zajętość linii Pope’a. Bohater powraca do swojej celi.

Klawisze, którzy zatrzymali Manche grożą mu i wypytują - kto zbiegł z Fox River. Przerażony więzień wydaje wszystkich, całą ósemkę – Burrows, Sucre, Scofield, Apolskis, Abruzzi, Bagwell, Franklin i Patoshik. Naczelnik odnajduje nieżywego Westmorelanda, leżącego na podłodze w gabinecie zabiegowym Izby Chorych. Następnie Pope kieruje się do bloku, w którym przebywali więźniowie i w celi Michaela zauważa dziurę, przez którą osadzeni zdołali zbiec. Strażnicy odnajdują Bellicka, który prosi o swoją strzelbę. Zaczyna się pościg.