"Pilot" - pilotażowy odcinek serialu "Prison Break" rozpoczyna się od wizyty głównego bohatera w salonie tatuażu. Widzimy kobietę, która wykańcza właśnie rysunek na ramieniu pewnego mężczyzny (Michael Scofield), po czym ów ubiera się i wychodzi. Kolejna scena to niszczenie wszelakich dowodów. W koszu lądują po kolei, wiszące na ścianach wycinki prasowe i fragmenty planów. Następnie bohater odłącza i wyrzuca przez balkon, wprost do rzeki, twardy dysk swojego komputera.

Kolejną scenę otwierają trzy strzały. Tym razem przenosimy się do banku, gdzie widzimy znanego z poprzednich ujęć mężczyznę, w roli napadającego na bank. Nakazuje kasjerce otworzyć sejf, ta informuje go, że nie ma takiej możliwości oraz, że w torbie ma już pół miliona dolarów, dając do zrozumienia, że lepiej byłoby uciekać… Ten jednak celowo pozostaje w banku. Kieruje w sufit kolejną serię strzałów z pistoletu. Po chwili odzywa się przez megafon policyjny negocjator. Michael poddaje się i zostaje aresztowany.

W procesie Michael Scofield zostaje skazany na 5 lat pozbawienia wolności z możliwością warunkowego zwolnienia po odsiedzeniu połowy kary. Nie wnosił sprzeciwu i dobrowolnie poddał się wyrokowi. Sąd przychylił się do jego prośby, osadzenia skazanego w zakładzie karnym usytuowanym najbliżej jego domu. Scofield trafia do Więzienia Stanowego Fox River.

W więzieniu, główny bohater zostaje wywołany i rozmawia z jednym z klawiszy (Bradley Bellick). Na następnym ujęciu widzimy go w celi, obserwującego więzienny korytarz. Inni osadzeni zwracają się do niego „Fish” – „Świeżak”.

W celi osadzony jest z Puertorykańczykiem – Fernando Sucre. Na spacerniaku Michael dowiaduje się, gdzie przebywa jego brat – Lincoln Burrows. Skazany za zabicie brata wiceprezydenta Stanów Zjednoczonych otrzymał od współwięźniów pseudonim „Sink” – „Pomywacz”. „Świeżak” zostaje poinformowany, iż Burrows został umieszczony w tzw. celi śmierci i jedyną możliwością widywania się z nim są nabożeństwa w kaplicy oraz praca w brygadzie, którą dowodzi John Abruzzi. Na spacerniaku Scofield poznaje także innych więźniów, którzy odegrają kluczowe role w jego planie. Są to: John Abruzzi i Charles Westmoreland – D. B. Cooper.

Naczelnikiem więzienia Fox River jest Henry Pope, który składa Michaelowi ofertę pracy w jego gabinecie przy budowie miniatury Tadż Machal (prezent ślubny dla żony Pope ’a). Początkowo Scofield odrzuca ofertę, lecz później, w obliczu grożącej mu kary (90 dni w izolatce) za bójkę na spacerniaku z „gorylami” Abruzzi ’ego, zmuszony jest ją przyjąć. Scofield otrzymuje od Johna kartę pracownika, z uwagi na to, że wie, gdzie przebywa objęty programem ochrony świadków Otto Fibonacci, którego zeznania mogą pogrążyć członków mafii.

W pierwszym odcinku poznajemy także innych bohaterów. Jednym z nich jest syn skazanego na śmierć – Lincoln Junior Burrows (L. J.), który zostaje przyłapany przez śledzących go funkcjonariuszy na posiadaniu marihuany, a później odwiedza ojca w więzieniu. Warto wspomnieć także o Veronice Donovan, pani adwokat, przyjaciółka obu braci i była dziewczyna starszego z nich. Początkowo nie dowierza niewinności Lincolna. Kluczowy epizod odegra w serialu także agent Secret Service (tajnych służb USA) Paul Kellerman oraz towarzyszący mu partner – Daniel Hale.

Przez pierwszy odcinek przewijają się też mniej istotne postaci: biskup McMorrow, Lisa Rix, narzeczony Veronici Donovan, dziewczyna Fernando Sucre – Maricruz Delgado. Tego pierwszego, zagorzałego przeciwnika kary śmierci, odwiedzają agenci Secret Service. Biskup jest przyjacielem gubernatora, na którego decyzję (w sprawie ułaskawienia Burrowsa) może mieć wpływ. Nie przystaje jednak na warunki „tajniaków” i w nocy zostaje zamordowany. Dowiaduje się o tym Veronica i orientuje się, że Michael miał rację – dowody w sprawie procesu jego brata zostały spreparowane, a Lincoln - niewinnie skazany.

Kolejną postacią, którą „Fish” spotyka na spacerniaku jest Benjamin Miles „C-Note” Franklin, który jako jedyny z grona osadzonych ma dostęp do różnego rodzaju medykamentów i handluje nimi wśród więźniów. To on pomaga Scofieldowi w zdobyciu leku o nazwie – PUGNAc.

Pierwszy odcinek kończy się na tym, jak Michael wyjawia Lincolnowi zamiar ucieczki i uratowania jego życia. Opowiada mu o tym, jak wszedł w posiadanie planów więzienia, które potem wytatuował sobie na ciele.